Базовыми научными институтами радиофизического факультета являются Сибирский физико-технический институт при ТГУ, Институт сильноточной электроники СО РАН, Институт оптики атмосферы СО РАН, Институт мониторинга климатических и экологических систем СО РАН, ОАО «НИИ полупроводникоых приборов».